Área de Estudio
Ecogenómica (Ecología Genómica) El objetivo de la Ecogenómica, como disciplina emergente, es cerrar la brecha existente entre los estudios genómicos y las respuestas de los organismos en su entorno natural. Busca entender los mecanismos genéticos subyacentes de las respuestas de los organismos a sus entornos naturales. Esto se logra a través de la aplicación de enfoques dados por la genómica estructural y funcional para identificar y caracterizar los genes con relevancia ecológica y evolutiva. Por su propia naturaleza, la ecológica genómica es un interdisciplinario campo.
Ámbito de estudio
El objetivo de la Ecogenómica, como disciplina emergente, es cerrar la brecha existente entre los estudios genómicos las respuestas de los organismos en su entorno natural. Busca entender los mecanismos genéticos subyacentes de las respuestas de los organismos a sus entornos naturales. Esto se logra a través de la aplicación de enfoques dados por la genómica estructural y funcional para identificar y caracterizar los genes con relevancia ecológica y evolutiva. Por su propia naturaleza, la ecológica genómica es un campo interdisciplinario, por lo que resulta una excelente estrategia para poder abordar los fenómenos de estilo de vida de los organismos que establezcan relaciones simbióticas.
En el Laboratorio de Estudios Ecogenómicos estamos interesados en comprender, a través de la Genómica Estructural y Funcional, las relaciones que establezcan diversos organismos a diferentes niveles, específicamente estamos enfocados en tres modelos de estudios.
Líneas de generación del conocimiento
- Genómica estructural y funcional de la relación simbiótica de bacterias asociadas a nematodos entomopatógenos.
- Estudios Genómicos enfocados a resolver problemas del sector pecuario
- Genómica Estructural de la microbiota ambiental
Integrantes del laboratorio
Dr. Edgar Dantan Gonzalez
Profesor-Investigador(Responsable)
edantan@uaem.mx
Rosalba Salgado Morales
Estudiante de Doctorado en Ciencias CIDIC/UAEM
Abraham Omar Rivera Ramírez
Estudiante de Doctorado en Ciencias
Fernando Martínez Ocampo
Estudiante de Doctorado en Ciencias Naturales
fernando.martinez.phd@gmail.com
Abimael Morán Vázquez
Maestría en Biotecnología
Abraham Omar Rivera Ramírez
Estudiante de Doctorado en Ciencias
Luis Enrique Rojas Espinoza
Estudiante de Maestría en Biotecnología
Marilú Mass Sánchez, Alan Rodrigo Ortiz Aguilar, Omar Mendoza Vera, Ecatzin Alejandro Ramírez Segura
Proyectos
- Convocatoria de Ciencia Básica-2017-2018 del "Fondo Sectorial de Investigación para la Educación, SEP-CONACYT" Proyecto: A1-S-22034, “Caracterización estructural y molecular de GroEL, una proteína moonlighting con actividad insecticida proveniente de bacterias simbiontes”. Monto 1’950,000.00
- Convocatoria del Programa de Apoyos para Actividades Científicas, Tecnológicas y de Innovación 2019-01. Propuesta N°299286 Título " Tercera Reunión de Genómica Pecuaria". Monto 165,000.00
- Convocatoria del Programa de Apoyos para Actividades Científicas, Tecnológicas y de Innovación 2018-01. Propuesta: 293270. Título "Segunda Reunión de Genómica Pecuaria". Monto 150,000.00
- Convocatoria del Programa de Apoyos para Actividades Científicas, Tecnológicas y de Innovación 2017-01. Propuesta: 279657. Título "Reunión Nacional de Genómica Pecuaria". Monto 250,000.00.
- Cátedras CONACyT No. 569 “Genómica estructural y funcional aplicada al desarrollo del sector pecuario”. CONACYT, 2016-2020
- Proyecto FOMIX/CONACyT Análisis de la susceptibilidad y los mecanismos de resistencia de Aedes aegypti a insecticidas organofosforados y piretroides en el Estado de Morelos”, Clave MOR-2010-C01-149033. Responsable. Periodo 2011/2013
- PromeP 39634. Reconocimiento a Perfil Deseable. Implemento Individuales de trabajo. Monto $ 40, 000.
- Propuesta N° 182225 CONACyT con título “Análisis del mecanismo molecular de una toxina S-layer de Bacillus thuringiensis en el control de la coccidiosis aviar por Eimeria tenella” enviada a la Convocatoria de Ciencia Básica 2012, monto 1'960,000 (un millón novecientos sesenta mil pesos 00/100 M.N.) con duración de 36 meses.
- Proyecto "Evaluación de dos vías de administración de un novedoso anticoccidiano de origen natural utilizado en el control de la enfermedad parasitaria (coccidiosis) de pollos de engorda, pera su potencial comercialización". Proyectos de Desarrollos Tecnológicos en Fase de Prototipos. UAEM/CONACyT
- Proyecto "Laboratorio de diagnostico BIOGEN". PEI12014 No. 212944 CONACyT. Monto $800,000.00
- Convocatoria Proyectos de Desarrollo Científico para atender Problemas Nacionales (COANACyT) 2014. No. Pre propuesta: 0247780. Título: Control de la coccidiosis aviar utilizando productos naturales producidos por la microbiota presente en hábitats de aves de corral. Monto $1’500,00.00
Publicaciones
- I. García-Bautista, T. Toledano-Thompson, E. Dantán-González, J. González-Montilla, R. Valdez-Ojeda. 2017. Inexpensive metagenomic DNA extraction protocol with high quality from marine sediments contaminated by petroleum hydrocarbons. Genet.Mol.Res. 16(3): gmr16039743 DOI: 10.4238/gmr16039743
- Salgado-Morales R, Rivera-Gómez N, Lozano-Aguirre Beltrán LF, Hernández-Mendoza A, Dantán-González E. 2017. Draft genome sequence of a Pseudomonas aeruginosa NA04 bacterium isolated from an entomopathogenic nematode. Genome Announc 5:e00746-17. https://doi.org/10.1128/genomeA.00746-17.
- Salgado-Morales R, Rivera-Gómez N, Martínez-Ocampo F, Lozano-Aguirre Beltrán LF, Hernández-Mendoza A, Dantán-González E. 2017. Draft genome sequence of Photorhabdus luminescens HIM3 isolated from an entomopathogenic nematode in agricultural soils. Genome Announc 5:e00745-17. https://doi.org/10.1128/genomeA.00745-17.
- Fernández-López, Maikel Gilberto, Popoca-Ursino, Carolina, Sánchez-Salinas, Enrique, Tinoco-Valencia, Raunel, Folch-Mallol, Jorge Luis, Dantán-González, Edgar, Laura Ortiz-Hernández, Ma. 2017. Enhancing methyl parathion degradation by the immobilization of Burkholderia sp. isolated from agricultural soils. Microbiology Open. https://doi.org/10.1002/mbo3.507
- Elida C. Popoca-Ursino, Fernando Martínez-Ocampo, Edgar Dantán-González, Enrique Sánchez-Salinas and Ma. Laura Ortiz-Hernández. 2017. Characterization of methyl parathion degradation by a Burkholderia zhejiangensis strain, CEIB S4-3, isolated from agricultural soils. Biodegradation https://doi.org/10.1007/s10532-017-9801-1
- Martínez-Ocampo F, Fernández López MG, Lozano-Aguirre Beltrán LF, Popoca-Ursino EC, Ortiz-Hernández ML, Sánchez-Salinas E, Ramos Quintana F, Villalobos-López MA, Dantán-González E. 2016. Draft genome sequence of Burkholderia cenocepacia strain CEIB S5-2, a methyl parathion- and p-nitrophenol-degrading bacterium, isolated from agricultural soils in Morelos, Mexico. Genome Announc 4(2):e00220-16. doi:10.1128/genomeA.00220-16.
- Dantán-González, E., Quiroz-Castañeda, R. E., Cobaxin-Cárdenas, M., Valle-Hernández, J., Gama-Martínez, Y., Tinoco-Valencia, J. R., Ortiz-Hernández, L. (2015). Impact of Meyerozyma guilliermondii isolated from chickens against Eimeria sp. protozoan, an in vitro analysis. BMC Veterinary Research, 11, 278. http://doi.org/10.1186/s12917-015-0589-0
- Ramos-Quintana, F. , Hernández-Rabadán, D. , Sánchez-Salinas, E. , Ortiz-Hernández, M. , Castrejón-Godínez, M. and Dantán-González, E. (2015) Modeling the Effects of Interactions between Environmental Variables on the State of an Environmental Issue: The Case of the Morelos State in Mexico. Journal of Environmental Protection, 6, 225-236. doi: 10.4236/jep.2015.63023.
- Martínez-Ocampo F, Lozano-Aguirre Beltrán LF, Hernández-Mendoza A, Rojas-Espinoza LE, Popoca-Ursino EC, Ortiz-Hernández ML, Sánchez-Salinas E, Ramos Quintana F, Dantán-González E. 2015. Burkholderia cenocepacia strain CEIB S5-1, a rhizosphere-inhabiting bacterium with potential in bioremediation. Genome Announc 3(2):e00056-15. doi:10.1128/genomeA.00056-15.
- Rosa Estela Quiroz-Castañeda and Edgar Dantán-González, “Control of Avian Coccidiosis: Future and Present Natural Alternatives,” BioMed Research International, vol. 2015, Article ID 430610, 11 pages, 2015. doi:10.1155/2015/430610
- Rosa Estela Quiroz-Castañeda, Ared Mendoza-Mejía, Verónica Obregón-Barboza, Fernando Martínez-Ocampo, Armando Hernández-Mendoza, Felipe Martínez-Garduño, Gabriel Guillén-Solís, Federico Sánchez-Rodríguez, Guadalupe Peña-Chora4, Laura Ortíz-Hernández, Paul Gaytán-Colín, Edgar Dantán-González (2015) “Identification of a New Alcaligenes faecalis Strain MOR02 and Assessment of Its Toxicity and Pathogenicity to Insects,” BioMed Research International, vol. 2015, Article ID 570243, 10 pages, 2015. doi:10.1155/2015/570243
Colaboraciones
- Dra. Laura Ortiz H. CeIB/UAEM
- Dra. Patricia Mussalli CeIB/UAEM
- M. en C. Enrique Sánchez CeIB/UAEM
- Dr. Ramón Suárez CeIB/UAEM
- Dr. Mario Soberón IBT/UNAM
- Dra. Blanca García G. IBT/UNAM
- Dr. Ruben Paul Gaytan IBT/UNAM
- Dr. Alfredo Jiménez CePROBI/IPN
- Dr. Armando Hernández M. CI Dinámica Celular, UAEM
- Dr. Luis Lozano CCG/UNAM
- Dr. Pablo Vinuesa CCG/UNAM
- Dra. Rosa E. Quiroz INIFAP
- Dr. Fernando Ramos ITESM
- Dr. Miguel Villalobos CIBA/INP
- Dra. Dolores Correa Instituto Nacional de Pediatría
- Gabriel Moreno-Hagelsieb Wilfrid Laurier University
- Dr. Juan E. Jasso SENASICA